Представлен общий подход к моделированию шельфовых экосистем в условиях интенсивного антропогенного воздействия. Рассмотрены результаты моделирования с помощью бокс-модели пространственно агрегированных компонентов экологической системы Северного Каспия. Установлена достаточная адекватность модели реальной экологической системе.